La méditation du mandala proprement dite consiste en une visualisation très vive et détaillée d'une déité (yidam) et des déités secondaires associées, appelées son assemblée, avec les postures, gestes (mudras) et objets symboliques prescrits.

Le pratiquant suit habituellement une liturgie, en répète les mantras et en effectue les mudras, le tout lui permettant d'incarner le cœur et les qualités éveillées du yidam, c'est-à-dire d'un Bouddha, d'un Bodhisattva, ou encore du maître (guru) qui l'a initié, ainsi que d'intégrer la perspective de la Vacuité.

Le but ultime de cette pratique est de voir en toutes choses un Champ-de-Bouddha (Buddhakshetra) et dans la déité ou le guru la manifestation de sa propre sagesse innée, appelée yeshé ou rigpa en tibétain.

On appelle mandala intérieur l'anatomie du corps subtil ou éthérique, permettant la maîtrise des souffles (pranas), des canaux (nadis), des gouttes (bindus), et des fameux centres de conscience, ou roues d'énergie appelés chakras.

Cet ensemble de pratiques, apparenté au Hatha- et Kundalini - yoga hindou, est connu sous le nom de Six yogas de Naropa. Ils spiritualisent le corps en en faisant un instrument de réalisation.

Dans le Vajrayana, on appelle stade de création, ou de génération [3], la pratique du mandala extérieur, et stade d'accomplissement, ou de perfection [4], la pratique du mandala intérieur.

Les deux grands mandalas du Vajrayana Shingon sont le Kongôkaï et le Taïzôkaï [5]et regroupent eux aussi de nombreuses déités bouddhiques symbolisant respectivement les aspects yáng et yin de la bouddhéité fondamentale.

Disposées en plusieurs quartiers, les déités expriment la compassion, la douceur, d'autres l'intelligence, le discernement, d'autres encore l'énergie, la force de vaincre tous les aspects négatifs du subconscient samsarique.